Аркадий Аронович Марголис работает в Московском государственном психолого-педагогическом университете со дня его основания: c 1998 г. по 2002 г. — проректором по учебной работе, с 2002 г. по настоящее время — первым проректором МГППУ. Кандидатскую диссертацию защитил в 1990 г. на тему «Развитие учебно-познавательных действий школьников в условиях использования компьютерных средств». А. А. Марголис является известным специалистом в области педагогической психологии и высшего образования, совмещает организаторскую работу с преподавательской деятельностью в качестве профессора кафедры педагогической психологии факультета «Психология образования» МГППУ, профессора международной кафедры культурно-исторической психологии МГППУ; является председателем Ученого Совета факультета «Психология образования» и членом Ученого Совета МГППУ. Руководит российским отделением Международного общества культурно-деятельностных исследований (International Society for Cultural and Activity Research, ISCAR). С 2011 г. входит в Совет и Президиум Совета Учебно-методического объединения вузов РФ по направлению «Психолого-педагогическое образование». А. А. Марголис является соавтором и одним из основных исполнителей Инновационной образовательной программы МГППУ, с которой Университет в 2007 г. стал победителем конкурса инновационных вузов в рамках Национального приоритетного проекта «Образование». При его непосредственном участии в МГППУ были созданы центры нейро-когнитивных исследований, нейробиологической диагностики, экспериментальной психологии и другие, цифровая психологическая библиотека с современными электронными ресурсами, научные и образовательные Интернет-ресурсы, которые посещают более 20 тыс. человек в день, новые образовательные программы психологического направления, приобретено уникальное оборудование, не имеющее аналогов в России.